La politique commerciale est en principe de la compétence de l'Union européenne. En effet, l'« union douanière » suppose, non seulement, au moment de sa création, l'élissement d'un tarif extérieur commun, mais aussi, ultérieurement, une politique commerciale commune par rapport aux pays tiers. De surcroit, toute intensification des échanges intracommunautaires doit s'accomner d'une politique commerciale commune sant à empêcher les produits tiers de pénétrer les marchés les plus protégés par le biais des marchés les plus ouverts.
L'article 110 (ex art. 131), qui définit les objectifs de la politique commerciale, se situe dans une perspective totalement libre-échangiste. Le premier paragraphe indique : « En élissant une union douanière entre eux, les États membres entendent contribuer, conformément à l'intérêt commun, au développement harmonieux du commerce mondial, à la suppression progressive des restrictions aux échanges internationaux et à la réduction des barrières douanières. » Le deuxième paragraphe évoque la « force concurrentielle des entreprises » des États membres, mais d'une façon quelque peu surprenante. La formulation est, en effet, la suivante : « La politique commerciale tient compte de l'incidence favorable que la suppression des droits entre les États membres peut exercer sur l'accroissement de la force concurrentielle des entreprises de ces États. » Cette formulation sous-entend que la politique doit être d'autant plus libre-échangiste que l'appareil productif est compétitif, et l'appareil productif est d'autant plus compétitif que la liberté de circulation (échanges intra-communautaires) est intense : la promotion de libre circulation des marchandises tient lieu de politique commerciale. La conception sous-jacente est que la compétitité des entreprises dépend du marché intérieur et que, par rapport aux tiers, le libre-échange est la meilleure situation. Cet article du traité ne prend pas en compte l'idée d'une « politique commerciale stratégique », d'une politique commerciale qui puisse être utilisée pour renforcer la compétitité des entreprises européennes.

Par ailleurs, les conceptions divergent en matière de politique commerciale, les pays libre-échangistes (Royaume-Uni, Pays-Bas, Allemagne, et Danemark) s'opposant aux pays qui le sont moins (France, Italie, Esne, Grèce et Irlande).
La mise en ouvre de la politique commerciale commune pose deux types de problèmes de partage de compétence : entre l'Union européenne et les États membres et entre le Conseil et la Commission. Selon l'article 113 (ex art. 133), « la Commission, pour la mise en ouvre de cette politique commerciale commune, soumet des propositions au Conseil. Si des accords avec un ou plusieurs États ou organisations internationales doivent être négociés, la Commission présente des recommandations au Conseil, qui l'autorise à ouvrir des négociations nécessaires. Ces négociations sont conduites par la Commission, en consultation avec un comité spécial désigné par le Conseil pour l'assister dans cette tache, et dans le cadre des directives que le Conseil peut lui adresser. Dans l'exercice des compétences qui lui sont attribuées par le présent article, le Conseil statue à la majorité qualifiée ». On voit que la Commission joue, en cette matière comme dans beaucoup d'autres, un rôle dans la préparation des décisions, les orientations politiques étant prises par le Conseil. Mais l'article 113 soulève deux séries de conflits et d'affrontements institutionnels (Fries, 1995). D'une part, comme la Commission est chargée de « conduire des négociations », le partage de compétences entre Conseil et Commission se prête à des interprétations différentes : la Commission ayant une conception large et le Conseil, et donc les États membres, une conception plus étroite, le conflit est apparu de façon éclatante lors des accords dits de Blair House (1992) - où le négociateur européen, Léon Brittan, a été accusé, en particulier par la France, de dépasser ses compétences de commissaire - et lors de la discussion d'un accord entre les États-Unis et l'Union européenne (rejeté au début de 1998). D'autre part, comme les décisions sont prises à la majorité qualifiée, les États membres craignent de se voir déposséder de leur pouvoir de décision et adoptent une sion restrictive de la politique commerciale, alors que la Commission tend à considérer que tout ce qui affecte les échanges internationaux fait partie de cette politique, les points d'achoppement étant nombreux (serces, protection de la propriété intellectuelle).